L'instrument peut être la reproduction fidèle d'un enregistrement de l'instrument réel (violon, flûte,...), ou également un instrument de pure synthèse.

Le logiciel crée directement le signal audio et l'envoie à la carte son. Cela permet une reproduction exacte d'un son sur n'importe quel ordinateur, contrairement au jeu MIDI habituel dont la qualité sonore dépend du matériel externe et/ou du type de carte son.

Pizzicato 3.4 comporte une librairie sonore intitulée Papelmedia, utilisée sous licence et livrée en standard avec Pizzicato.

En choisissant le menu Edition, Assigner les instruments virtuels aux portées, Pizzicato assigne les instruments virtuels correspondant aux choix effectués dans la vue instruments. Pizzicato peut alors jouer la partition en utilisant la librairie de sons Papelmedia livrée d'origine avec Pizzicato. Ceci est faisable avec toutes les versions de Pizzicato.

Les instruments virtuels assignés sont visibles sur la partition en activant l'outil des repères (dont le raccourci est ":", la touche des deux points superposés, sur le clavier de l'ordinateur). L'instrument virtuel assigné automatiquement, l'est au début de la portée, à la première mesure et c'est là qu'il est visible.Les versions plus avancées permettent d'assigner des instruments n'importe où dans la partition, afin d'effectuer un changement de sonorité à tout moment (cordes legato, cordes en pizzicato, cordes rapides,...). Pour cela, il suffit de glisser un instrument virtuel à l'intérieur de la mesure, à l'endroit où il doit commencer à jouer.

Pour accéder à la librairie Papelmedia des instruments virtuels, ouvrez la vue directrice. Dans l'arbre situé dans le coin supérieur gauche, ouvrez respectivement les dossiers Librairies musicales, Instruments virtuels, Papelmedia. Vous y trouverez divers dossiers où les instruments sont classés par familles et genres. Il suffit de cliquer et glisser un instrument vers la mesure de destination.

Vous pouvez également importer des fichiers SoundFont, dans le dossier Ma Librairie. Cliquez avec le bouton droit sur le dossier et choisissez Importer un fichier SoundFont. Une fois importé, vous pouvez glisser les instruments qui s'y trouvent directement dans les mesures de la partition pour les utiliser.